FT232HのSync245Modeで、FT232H自体はちゃんと動いているはずなのに、データをロスするという状況を解析してみました。
下図のように、Sync Clockによりカウンタもしくは外付けのFIFOメモリなどからデータをPCに転送するとします。
FT232Hと外部FIFO
#TXEがLowのときにデータが取り込まれ、Highのときには取り込まれないのですが、FT232Hからのクロックは常に出ています。
なので、#TXEがHighのときにはカウンタotFIFOが動かないようにCONTROLブロックでCLKを止めるようにします。
CLK停止ロジック１しかし、#TXEとCLKのタイミングは、下図のようになっているので、
CLKとTXEタイミング#TXEがLowになったところで、短いパルス（グリッジ）が出てしまい、カウンタ（外部FIFO）のデータが１つずれてしまいます。
グリッジによる誤動作そのため、データが１コ抜けてしまいます（FT232Hは、#TXEがLowの間のCLKinの立ち上がりでデータを拾うので。※正確には#TXEがLowになって、受け側の回路が#WEをLowに下げたときの、CLKinの立ち上がりでデータを拾っていく）。
CONTROLブロックを下図のようにすれば、
CLK停止ロジック２カウンタ（FIFO）の制御信号は下のようになって、
グリッジ防止対策済みデータ抜けは、なくなります。
